La Casa Hogar Alto Refugio está integrada por 5 responsables de los departamentos y otras áreas administrativas, ellos son los padres de la Casa.

No cuenta con comedor común, ni dormitorios comunes.  Su organización se basa en el adecuado funcionamiento de su infraestructura, es decir,  de los seis departamentos con los que cuenta la casa hogar y cuya capacidad es de  ocho  a doce niños cada departamento. En estos pequeños hogares los niños llevan acabo sus actividades normales como en cualquier hogar, aquí duermen, comen, hacen la tarea, se asean  y así reciben la atención personalizada  que requieren mediante personas responsables que realizan las funciones de padre, madre o ambos en el caso de ser una pareja a cargo.  Estas personas están dedicadas a ellos 24 horas al día, seis días a la semana tomando un día de descanso.

De esta manera la organización cumple con el objetivo de dar al niño un ambiente familiar donde se desarrollan las actividades propias de un hogar y se evita a través de esta estructura caer en un sistema institucional perjudicial para su restauración y desarrollo.

Para ofrecer protección, cuidado y la satisfacción de necesidades físicas, mentales y espirituales a los niños, Alto Refugio cuenta con ciertas áreas comunes como son: la cocina, el cuarto de lavado, biblioteca, salón de cómputo, salones de clases para su regularización y patio de juegos.  Así como atención psicológica, médica y educación moral.

Al ingresar en la institución, el departamento académico evalúa el nivel escolar del niño considerando su edad, su capacidad, y el avance que lleva.  Nuestro prioridad es que cada uno de ellos avance lo mas posible en el área académica para tener la mejor preparación escolar posible, hasta la universidad si fuera posible.

Al ver que el niño llega al limite de lo que el sistema educativo convencional le puede ofrecer, ya sea porque excedan la edad permitido por la Secretaria de Educación Publica o por capacidad académica deficiente,  se le considerará para una capacitación laboral que se lleva acabo junto con educación para adultos, para lograr  simultáneamente su entrenamiento en un oficio y su educación escolar.