En el año 2000, uniendo esfuerzos con sociedades cristianas como Gospel Relief Missions (Estados Unidos) y Jubileé Christian Centre (Canadá) los presidentes de la Casa Hogar Alto Refugio, el señor Enrique Borja Galindo, (Representante Legal) y su esposa la señora Susan Herbert de Borja (Gerente Administrativa) inauguraron el 14 de Febrero el hogar  que  abrió sus puertas al niño que nadie quiere  donde se le enseñaría y cuidaría hasta que llegara a la edad adulta y pudiera enfrentar la vida con éxito, moldeando previamente su carácter y convirtiéndolo en un integrante activo de la sociedad.

Gospel Relief Misión, con residencia en California, donó el terreno de 13 mil m2 en que se encuentra Alto Refugio.  La construcción de plástico prefabricado de características térmicas que requiere de muy poco mantenimiento con que la casa está edificada recibió el apoyo de Jubilee Cristian Centre  quienes se abocaron a levantar fondos a través de donativos, subastas, entre otras actividades a través de las cuáles se levantó la primera etapa del edificio.

El 5 de abril de 2000 se recibieron a los primeros niños enviados de la Casa de la Familia Poblana, organización perteneciente a la Institución Estatal para el Desarrollo Integral de la Familia (DIF).  Desde entonces las edades de atención han oscilado de los 5 meses a los 19 años.

Los niños de Alto Refugio son menores que en su mayoría han sufrido  abusos físicos, emocionales o sexuales y en  algunos casos hasta torturas.  Por otro lado, aunque hubieran estado bajo la cobertura de alguna institución, la atención recibida era deficiente y sin el desarrollo de las disciplinas diarias de la vida, bajo estas condiciones los niños y niñas recibidas en Alto Refugio han sido personas no preparadas para enfrentar la sociedad, aunque algunos  alcancen la mayoría de edad.

Por lo que el interés de de la organización ha sido desde sus inicios la atención a niños, con una situación permanente, es decir, niños que no regresen a sus casas y luego de nuevo a Alto Refugio debido a que se busca  un continuo proceso de restauración que de frutos y esto solo se puede realizar con el mayor tiempo de permanencia en la Casa.  Sin embargo, a la fecha se han atendido un total de 73 niños y niñas que en algunos casos han regresado a sus hogares o han sido adoptados mediante los programas de adopción que lleva acabo el DIF estatal.